LAST

LAST.c
LAST (Large agreement Sub Tree) construit un arbre partiel commun à un ensemble d'arbres phylogénétiques

Ce programme lit un fichier "fichname(.tre)" situé dans un dossier Data qui contient NbArb arbres phylogénétiques sur le même ensemble de feuilles X au format Newick. Les étiquettes sont sensibles aux minuscules/majuscules ; elles sont limitées à 99 caractères

Deux arbres sont compatibles (du point de vue topologique) si pour tous les quadruplets de X, soit la topologie est non résolue, soit les topologies (résolues) sont identiques. Ce programme calcule un sous ensemble maximal de sommets Y tel que tous les arbres réduits à Y soient compatibles.

L'arbre partiel commun (sur Y), le plus resolu possible, est archivé sous le nom LAST.fichname.nw au format Newick. La longueur des chemins est egale a la somme des distances unitaires des arbres du fichier.

Tous ces fichiers doivent être dans un répertoire Data situé dans le même dossier que le programme. Les extensions n'ont pas à être tapées. Pour compiler ce programme sur un ordinateur, selon un système d'exploitation (Unix, MacOS ou Windows), il faut commencer par déclarer lequel, dans la fonction Repertoire en fin de listing.

LAST.pdf
A. Guénoche, H. Garreta and L. Tichit (2010) About the largest subtree common to several phylogenetic trees, Mathématiques et Sciences Humaines, 190(2):115--124, Summer 2010.